Pythagoras và các nhà triết học khác thời đó tin rằng bởi vì các khái niệm toán học "thực tế" hơn (dễ điều chỉnh và phân loại) hơn các khái niệm vật lý, chúng có tính thực tế cao hơn. Thánh Augustinô thành Hippo (354–430 sau Công nguyên), đã viết: "Các con số là ngôn ngữ phổ quát do thần linh cung cấp cho con người như một xác nhận của sự thật."  Tương tự như Pythagoras, anh ta cũng tin rằng mọi thứ đều có các mối quan hệ số và tùy thuộc vào tâm trí để tìm kiếm và điều tra bí mật của những mối quan hệ này hoặc để chúng được tiết lộ bởi ân sủng của thần thánh.

Vào năm 325 sau Công nguyên, theo Hội đồng Nicaea lần thứ nhất, việc rời bỏ tín ngưỡng của nhà thờ nhà nước bị coi là vi phạm dân sự trong Đế chế La Mã. Numerology đã không nhận được sự ủng hộ của giới cầm quyền Cơ đốc thời đó và được giao cho lĩnh vực tín ngưỡng không được chấp thuận cùng với chiêm tinh học và các hình thức bói toán và "ma thuật" khác.  Bất chấp cuộc thanh trừng tôn giáo này, ý nghĩa tâm linh được gán cho những con số "thiêng liêng" trước đây đã không biến mất; Một số con số, chẳng hạn như " số Chúa Giêsu " đã được Dorotheus ở Gaza bình luận và phân tích và số học vẫn được sử dụng ít nhất trong giới Chính thống Hy Lạp bảo thủ.[3][4] Tuy nhiên, bất chấp sự phản đối của nhà thờ đối với thuật số học, đã có những lập luận được đưa ra về sự hiện diện của thuật số học trong Kinh thánh và kiến trúc tôn giáo. Ví dụ, số 3 và số 7 mang ý nghĩa tâm linh mạnh mẽ trong Kinh thánh. Ví dụ rõ ràng nhất là việc tạo ra thế giới trong 7 ngày. Chúa Jêsus đã hỏi Chúa 3 lần rằng liệu Ngài có thể tránh khỏi bị đóng đinh và bị đóng đinh vào lúc 3 giờ chiều. 7 là độ dài của nạn đói và các sự kiện khác do Chúa áp đặt và đôi khi được theo sau bởi số 8 như một biểu tượng của sự thay đổi.

Một số lý thuyết giả kim có liên quan chặt chẽ đến số học. Ví dụ, nhà giả kim thuật người Ba Tư-Ả Rập Jabir ibn Hayyan đã đóng khung các thí nghiệm của mình trong một phép số học phức tạp dựa trên tên của các chất trong ngôn ngữ Ả Rập.

Thần số học nổi bật trong Diễn văn văn học năm 1658 của Sir Thomas Browne, The Garden of Cyrus. Trong suốt các trang của nó, tác giả cố gắng chứng minh rằng số năm và mẫu Quincunx liên quan có thể được tìm thấy trong nghệ thuật, trong thiết kế và trong tự nhiên - đặc biệt là thực vật học.

Thần số học hiện đại có nhiều tiền nhân khác nhau. Cuốn sách của Ruth A. Drayer, Numerology, The Power in Numbers nói rằng vào khoảng đầu thế kỷ 20 Mrs. L. Dow Balliett đã kết hợp công việc của Pythagoras với tài liệu tham khảo trong Kinh thánh.[5] Học trò của Balliett, Juno Jordan, đã giúp số học trở thành hệ thống ngày nay được gọi là Pythagore, mặc dù bản thân Pythagoras không liên quan gì đến hệ thống này, bằng cách xuất bản cuốn "The Romance in Your Name" vào năm 1965, cung cấp một hệ thống để xác định cái mà ông gọi là những ảnh hưởng chính của thần số học đối với tên và ngày tháng năm sinh vẫn được sử dụng cho đến ngày nay. Các 'nhà số học' khác bao gồm Florence Campbell (1931),[6] Lynn Buess (1978), Mark Gruner (1979), Faith Javane và Dusty Bunker (1979), Kathleen Roquemore (1985) đã mở rộng việc sử dụng thần số học để đánh giá tính cách hoặc sự kiện. Các trường phái thần số học khác nhau này đưa ra nhiều phương pháp khác nhau để sử dụng thần số học.